Guintoli wurde in Montélimar, Frankreich, geboren fuhr erstmals 2000 in der 250ccm Weltmeisterschaft, in die er 2001 als Permanent-Starter einstieg. 2007 und 2008 fuhr er in der MotoGP permanent in die Punkte und feierte als Highlight den vierten Platz in Motegi. Dann ging es für ihn in die British Superbike Meisterschaft, wo er bei den ersten beiden Rennen mit den Rängen eins und zwei glänzte. Nachdem er sich aber bei einer umstrittenen Kollision mit Josh Brookes schwer verletzte, musste er lange Zeit der Saison aussetzen. 2010 stieg er mit Suzuki in die WorldSBK ein und fuhr in seinem ersten Jahr auf den siebten Gesamtrang. Es folgen 2011 und 2012 zwei Ducati-Jahre, die mit den Plätzen sechs und sieben und den ersten Rennsiegen endeten. 2013 wechselte Guintoli zu Aprilia und fuhr regelmäßig auf das Podest, was ihm den dritten WM-Rang einbrachte. 2014 dann konnte er Sykes und Kawasaki vor allem mit seiner Konstanz schlagen und feierte beim letzten Saisonrennen den WM-Titel. 2015 wechselte er zu Ten Kate Honda, für 2016 hat er im Pata Yamaha Official World Superbike Team unterschrieben.